Dramatyczny sezon trzeci, w którym Michael Scofiled został uwięziony w Sonie, piekielnym panamskim więzieniu, gdzie nie ma żadnych reguł, żadnych straży i żadnej ucieczki.Uwolnienie Lincolna od jego domniemanych zbrodni, wolność braci i szczęście były krótkotrwałe gdyż Michael został wysłany do więzienia Sona przez Firmę, tą samą rządową konspirację dzięki której Lincoln znalazł się za kratami Fox River.Micheal wkrótce odkrywa, że celowo został umieszczony w Sonie, aby zorganizować inną śmiałą i pozornie niemożliwą więzienną ucieczkę - tym razem Whistlera, tajemniczego mieszkańca ukrywającego się w kanalizacji więzienia. Sona (faktycznie więzienie Carandiru w Brazylii)jest całkowitym przeciwieństwem do amerykańskiego Fox River. Mordercze zamieszki między więźniami spowodowały, że wszystkie straże i władze więzienia zdecydowały zostawianie ich z własną wypaczoną hierarchią i kodem etyki i dzięki temu powstał rządzący, brutalny Lechero.Wewnątrz Sony, Michael musi odwrócić podejrzenia Lechero od ochraniania się od trójki wrogów:Alexandra Mahone, agenta FBI renegata, który został ujawniony, by zostać związany z Firmą;Brada Bellicka, byłego strażnika Fox River oraz jednorękiego, morderczego pedofila T - Bag'a.A to wszystko utrudnia zorganizowanie planu ucieczki bardzo trudnej i skomplikowaniej.Tym razem to Lincoln musi pracować na zewnątrz więziennych ścian, by pomóc zorganizować ucieczkę brata, jak również ratunek dla porwanego syna LJ'a i prawdziwej miłości Michaela, Sary Tancredi. W Panamaie Lincoln jest ponownie połączy się ze zbiegłym więźniem Fox River Fernando Sucre i zwiąże się z dwoma pięknymi kobietami, które okażą się bardzo ważne w ucieczce: Susan B. Anthony, chłodna i śmiertelna pracownica Firmy i Sofia, niewinna dziewczyna Whistlera, która jest nieświadoma niebezpieczeństwa jakie ją spotka. Michael i Lincoln muszą znaleźć sposób, by ponownie połączyć się z własnymi ukochanymi osobami, więc organizują i projektują ucieczkę z więzienia jeszcze raz.
